Fakultas pertanian Universitas Malikussaleh didirikan pada tahun 1986 yang merupakan fakultas ketiga setelah Fakultas Ilmu Administrasi Negara dan Fakultas Teknik dengan satu jurusan yakni Budidaya Pertanian dengan Program Studi Budidaya Pertanian dan jumlah mahasiswa pada angkatan pertama adalah 16 orang. Pada tahun ketiga, Fakultas Pertanian Universitas Malikussaleh memperoleh status ”terdaftar” berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 0584/0/1989 Tanggal 11 September 1989. Program studi Budidaya Pertanian berubah nama menjadi Program studi Agronomi pada tahun 1999.
Program Studi Agronomi berubah menjadi Program Studi Agroekoteknologi pada tahun 2008 dilakukan berdasarkan keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia No 163/DIKTI/KEP/2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi tanggal 29 November 2007.
Universitas Malikussaleh berubah menjadi universitas negeri setelah keluar surat Keputusan Presiden Nomor 95 tahun 2001 tentang Pendirian Universitas Malikussaleh pada tanggal 1 Agustus 2001. Program studi Agroteknologi mulai mengembangkan kualitas diri, baik terkait dengan proses pembelajaran, pegembangan kuaifikasi dosen dan tenaga kependidikan, sarana prasarana, kurikulum dan pengembangan program studi.
Program studi Agroteknologi mendapatkan akreditasi ”B” dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan nomor 139/SK/BAN-PT/Ak-XV/S/VI/2013. Melalui surat Keputusan MenteriDokumen Kurikulum Program Studi Agroekoteknologi Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Rpublik Indonesia nomor 491/KPT/I/2018 tentang Perubahan Nama Program Studi pada Universitas Malikussaleh di Kabupaten Aceh Utara, maka berubahlah nama program studi Agroteknologi program sarjana menjadi Agroekoteknologi.
Program studi Agroekoteknologi mendapatkan akreditasi ”B” dari BAN PT dengan nomor 652/SK/BAN-PT/Ak-PNB/S/IV/2019. Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 5 Tahun 2020 tentang Akreditasi Program Studi dan Perguruan Tinggi. Program studi Agroekoteknologi melaksanakan reakreditasi dan mendapatkan peringkat ”Akreditasi Baik Sekali” dengan Keputusan BAN-PT nomor 11565/SK/BAN-PT/AK-ISK/S/X/2021, yang berlaku mulai 12 Oktober 2021 sampai dengan 6 November 2023.
